San Juan Diego nació en 1474 en el "calpulli" de Tlayacac en Cuauhtitlán, México, establecido en 1168 por la tribu nahua y conquistado por el jefe Azteca Axayacatl en 1467. Cuando nació recibió el nombre de Cuauhtlatoatzin, que quiere decir "el que habla como águila" o "águila que habla".Juan Diego perteneció a la más numerosa y baja clase del Imperio Azteca, sin llegar a ser esclavo. Se dedicó a trabajar la tierra y fabricar matas las que luego vendía. Poseía un terreno en el que construyó una pequeña vivienda. Contrajo matrimonio con una nativa pero no tuvo hijos.

Entre 1524 y 1525 se convierte al cristianismo y fue bautizado junto a su esposa, él recibió el nombre de Juan Diego y ella el de María Lucía. Fueron bautizados por el misionero franciscano Fray Toribio de Benavente, llamado por los indios "Motolinia" o " el pobre".

Antes de su conversión Juan Diego ya era un hombre piadoso y religioso. Era muy reservado y de carácter místico, le gustaba el silencio y solía caminar desde su poblado hasta Tenochtitlán, a 20 kilómetros de distancia, para recibir instrucción religiosa.Su esposa María Lucía falleció en 1529. En ese momento Juan Diego se fue a vivir con su tío Juan Bernardino en Tolpetlac, a sólo 14 kilómetros de la iglesia de Tlatilolco, Tenochtitlán. Durante una de sus caminatas camino a Tenochtitlán, que solían durar tres horas a través de montañas y poblados, ocurre la primera aparición de Nuestra Señora, en el lugar ahora conocido como "Capilla del Cerrito", donde la Virgen María le habló en su idioma, el náhuatl.

Juan Diego tenía 57 años en el momento de las apariciones, ciertamente una edad avanzada en un lugar y época donde la expectativa de vida masculina apenas sobrepasaba los 40 años.Luego del milagro de Guadalupe Juan Diego fue a vivir a un pequeño cuarto pegado a la capilla que alojaba la santa imagen, tras dejar todas sus pertenencias a su tío Juan Bernardino. Pasó el resto de su vida dedicado a la difusión del relato de las apariciones entre la gente de su pueblo.

Murió el 30 de mayo de 1548, a la edad de 74 años.Juan Diego fue beatificado en abril de 1990 por el Papa Juan Pablo II.

Fue canonizado el 31 de julio de 2002 por Juan Pablo II, quien viajó a Ciudad de México para presidir la ceremonia.